Hola,
Siguiendo el propio artículo que mencionas, si lleváis al menos 5 años de convivencia con carácter previo a la solicitud debería considerarse como unidad de convivencia.
El certificado de exclusión, considero que lo solicitan al efecto de que si no estiman que ambos formáis una unidad de convivencia acreditar tal requisito conforme art. 6.2 c) del Real Decreto-ley.
Saludos.