No lo has entendido.
Tus ingresos computables son esos 9.000 y pico de euros. Te has pasado.
Ahora, cuando tú tienes ingresos que tributan por IRPF estos aparecen en la Declaración ¿verdad?
Y dependiendo de la cifra de esos ingresos, se paga IRPF mediante saltos de tramos.
De 0 a 12.000 euros anuales de ingresos, hay que pagar de IRPF un 19%.
Pues hay unas reducciones en la base imponible dependiendo de diferentes circunstancias familiares o personales (tener hijos a cargo, tener una discapacidad, etc). Lo que se conoce como "mínimos".
Estos " Mínimos" lo que hacen es aumentar efectivamente el mínimo desde el que se empieza a gravar el IRPF, y por tanto librarte de tributar en un buen pellizco del tramo.
En tu caso, el mínimo por discapacidad es de 3.000 euros, y eso significa que tú no pagas el 19% de IRPF de los 9.000 euros íntegros, sino sólo de los 6.000 restantes.