He pagado el IBI dos veces

OK, creo que está claro. Os han girado los dos recibos actualmente, uno a nombre de tu madre fallecida en 2018 como usufructuaria y otro a nombre de tu padre que, en 2018, era nudo propietario pero que ahora mismo es el único titular porque al fallecer tu madre consolidó el pleno dominio al finalizar el usufructo de tu madre. Supongo que por ese motivo dicen que hay que devolver el de tu madre. 
Lo único que se me ocurre es que puedas demostrar que los dos recibos los hayas pagado tú (o tu padre), por ejemplo porque se hayan cargado a una cuenta a tu nombre (o a nombre de tu padre). En ese caso podrías pedir la devolución acreditando la duplicidad en la misma cuenta.