Para la Agencia Tributaria existen ingresos que van al capítulo de rendimientos del trabajo (tales como la prestación por desempleo, la RAI, nóminas por trabajo, etc.), rentas exentas (como en este caso es el IMV) y otras subvenciones, auxilios y ayudas satisfechas por las administraciones públicas (tales como becas por cursos de formación para desempleados, la ayuda al alquiler que citas, etc)... en la consulta de nuestros datos fiscales como contribuyente para el IRPF aparecerán así desglosadas con los importes percibidos que luego el programa RentaWeb de ayuda a la declaración de la renta irá cogiendo y aplicando en las casillas correspondientes de nuestra renta cuando la vamos haciendo.
Para el cómputo del IMV se descuentan tanto las primeras que te he citado como las últimas, porque en definitiva "casi todo" lo percibido en ayudas se descuenta del IMV.
Por tanto, la respuesta es SI... es correcto que te las descuenten, pues las ayudas que me citas aparecerán en ese capítulo de "Otras subvenciones, auxilios y ayudas satisfechas por las administraciones públicas" de nuestros datos fiscales de cara a la declaración de la renta, así como en el IRPF.