Buenas tardes,te explico como lo hago yo :)
Escribe en Google mis expedientes agencia Tributaria,te va a pedir tu DNI y fecha de vencimiento del mismo,una vez que lo pongas vas a necesitar tener clave pin y te mandarán un mensaje con esa clave.
Seleccionas el expediente y al entrar hay varios apartados y uno de ellos es el de los pagos.
Espero haberme explicado bien jejeje