Si compras con IVA en lugar de con ITP, es porque estás autodeclarando ante hacienda que tienes intención de destinar ese inmueble a una actividad que estará sujeta a IVA.
Si luego resulta que no destinas ese inmueble a generar nuevo IVA, hacienda te aplicará regularización (en general los inmuebles cuestan más de 3.000 €, por lo que son bienes de inversión, y los bienes de inversión inmuebles están sujetos a regularización durante 10 años).
Sobre los IVAs de los gastos de reforma, que no son bienes de inversión, el plazo de regularización por posible inexistencia o falsedad es el general de prescripción de impuestos, el periodo corriente y 4 años más.
Me extrañaría muy mucho que lograses colarle a hacienda durante tanto tiempo que eres empresario o tienes intención de destinar ese inmueble y su reforma a una actividad sujeta y no exenta, sin hacerlo realmente, y que hacienda aceptase todas las devoluciones sin hacerte algún requerimiento.
Investigaciones de hacienda al margen, el mecanismo de optimización de tesorería e IVA sería más o menos ese:
Compras "como promotor" (realmente da lo mismo si como persona física o mediante una SL, aunque lo usual en estos casos es tirar de SL patrimonial).
Declaras intención de destinar inmueble a actividad sujeta, y tener derecho a deducción, total o parcial, del IVA.
Quedas sujeto a IVA, el vendedor te hace factura sin IVA, y serás tú quien declare (por inversión del sujeto pasivo) ese IVA.
A su vez, te deduces inmediatamente ese IVA soportado.
Saldo de IVA 0,00.
Dejas pasar 10 años y 1 día, y vendes como inmueble no sujeto a IVA (segunda o ulterior transmisión), y como ya pasaron más de 10 años, caducó el periodo de regularización de los bienes de inversión inmuebles. Hacienda ya no puede recalcular el IVA que en su día te dedujiste.
(Nota: Luego, si hacienda te abre una inspección y te revisan hasta las zurraspas de los gayumbos, no te quejes....)
la plus belle des ruses du Diable est de vous persuader qu'il n'existe pas!