Hola,
Lo primero de todo, si desde el 2019 hasta la actualidad (por tanto, incluyendo 2022) tu padre ha vivido contigo (al menos, la mitad o más de cada año) y tiene discapacidad, tú como hijo tienes derecho al mínimo por ascendientes, por discapacidad (lo que te hará pagar menos IRPF, en efecto, reteniéndote menos en las nóminas o devolviendo el exceso retenido si no lo has comunicado a tu pagador en las declaraciones anuales), además de una deducción directa anual de 1.200€, que se te aplicará también en la declaración. Todos estos beneficios los podías haber disfrutado desde la declaración de 2019, siempre y cuando tu padre no obtiene rentas superiores a los 8.000€ y si no presenta declaración (si lo hace, sus rentas tendrías que ser menores a 1.800€ para que pudieras beneficiarte). Las rentas exentas (como la Incapacidad Permanente Absoluta no computan para dicho límite).
Una vez expuesto esto, el requisito de "convivir juntos", debido que te supone a ti un beneficio, es una cuestión de hecho que, mediante las pruebas pertinentes, debes poder demostrar a Hacienda en el caso de que te requiera.
Te indico que, por ejemplo, en la deducción por vivienda habitual (la cual requiere que se resida en la vivienda que está gravada con la hipoteca deducible), si la AEAT -que conoce el dato- no detecta consumo de electricidad, notifica liquidación en la que no considera que el contribuyente no puede aplicar la deducción por no residir en la vivienda. Y todo ello, a pesar de que se le aporte un certificado de empadronamiento, ya que, según su interpretación, declarar ante el Ayuntamiento que se reside en un determinado domicilio no prueba en absoluto que eso sea así.
¿Por qué expongo lo anterior? Porque en tu caso, puedes utilizar este argumento para contradecirles ante una hipotética comprobación en la que alegues que no existe convivencia, pero debes complementarlo con otras pruebas que la permitan demostrar. P.ej: la vivienda de tu padre, al estar vacía, desde 2019 ha dejado de presentar consumo. O puede sí presentarlo, pero esto se justifica con un contrato de alquiler y las declaraciones de la renta de tu padre dónde queden reflejado estos ingresos. O ha transmitido esa vivienda antes de mudarse contigo. Además (como ejemplo) puede adjuntarse un certificado de la Comunidad competente que indica que los servicios de dependencia (si los disfruta), han cambiado de domicilio. Ya debes decidir si tienes pruebas que permitan concluir de manera bastante certera si aplicas la deducción o no a pesar de la ausencia de empadronamiento. Y, a pesar de lo expuesto, la AEAT (con riesgo de tacharla de incongruente), suele pedir el certificado de empadronamiento en este tipo de requerimientos, debido a que conozco casos en los que así ha sido.
Una vez expuesta toda la información, queda en tus manos decidir cómo actuar.
Espero haberte ayudado y ánimo,
Un saludo.