Mientras el inquilino no pida expresamente una modificación del contrato, yo creo que tú, como arrendador, no deberías promoverla. No sabes fehacientemente cuál es el acuerdo concreto entre el inquilino y la empresa, no sabes si esa solución de pago es temporal o permanente. No sabes si el pago del alquiler por la empresa es un encargo o mandato que le ha hecho el inquilino, una retribución en especie, un dividendo en especie u obedece a otra causa. Dices que te ha dicho que es “socio”, pero no sabes si es socio trabajador, socio administrador, o incluso podría ocurrir que sea empleado o administrador de la sociedad, pero no socio. Si tuvieses toda la información completa, tendrías que buscar una asesoría adecuada para la redacción de un nuevo contrato, para que no se te produjesen perjuicios ni complicaciones u obligaciones de cualquier tipo que no quieras asumir respecto de la situación actual. Esa asesoría probablemente tenga un coste que debería pagar el inquilino o la empresa futura arrendataria, que son quienes deben impulsar la formalización de una nueva situación si es que ambos están interesados en ello.
Mientras tanto, la información de la que dispones es que el pago que recibes de esa empresa es por cuenta del inquilino (pago del tercero, art. 1.158 y ss. Código Civil), y el nombre y DNI de ese inquilino es el que debes poner en la declaración del IRPF mientras nada cambie. Ese pago mediante transferencia tiene por objeto cumplir la obligación jurídica del inquilino -no de la empresa- que nace del contrato de arrendamiento vigente, el único existente actualmente.
La decisión de si hacer un contrato nuevo con la empresa como arrendataria, o un anexo al actual contrato para modificar únicamente la fórmula de pago y no el arrendatario, es cuestión que no puedes decidir tú solo. Lo que sea, necesitas acordarlo con la otra parte en función de la finalidad pretendida. Asesórate con un profesional que pueda informarte de todos los extremos que habría que tener en cuenta.