Hola,
La Base de Cotización por Contingencias Comunes ("Base CC") que aparece en tus nóminas debe ser la que informe la empresa a la Seguridad Social y la que aparezca en sus bases de datos (y con las que se calcularán las bases reguladoras de las distintas acciones protectoras del Sistema).
La Base de Cotización, desde el 2013, debe incluir todos los conceptos que se te retribuyan, tanto en metálico como en especie, independientemente de la denominación que tenga, con las únicas excepciones de dietas (cuantía destinada a sufragar los costes en los que incurres por tenerte que desplazar fuera de tu centro de trabajo habitual), las horas extraordinarias, algunas indemnizaciones (fallecimiento, traslados, suspensiones y despidos) y las mejoras de las prestaciones de la seguridad social (p.ej, cuando la empresa por convenio se ve obligada a complementar hasta el 100% del sueldo la cuantía que paga la SS en concepto de baja médica) -art. 147 de la Ley General de la Seguridad Social-.
Por tanto, en principio, con los pocos datos que indicas, parece ser que te están abonando conceptos que, si no son de alguno de los tipos que he expuesto, no están cotizando cuando sí deberían hacerlo.
Según lo que indica tu empresa, que es cierto, existen casos -bastantes- en los que debido a la tardanza de la negociación del convenio colectivo aplicable, se pactan retrasos (p.ej., el último convenio venció en diciembre de 2022, pero no ha sido hasta octubre de 2023 cuando se ha alcanzado un acuerdo y se ha publicado oficialmente el nuevo, el cual pacta una subida salarial del 3% con efectos del 1 de enero de 2023, debiendo la empresa entonces subirte el sueldo en las nóminas de noviembre y diciembre de 2023, pero además, abonarte la diferencia entre el salario que percibiste en los meses anteriores y el salario actualizado, pues tiene efectos retroactivos). En ese caso, la Seguridad Social expresamente tiene un mecanismo para cotizar dichas diferencias.
Así, respondiendo a tu pregunta, en principio, lo que te ha indicado tu empresa no es posible, dicho concepto salarial -atrasos- queda sujeto a cotización, es obligatorio que la empresa informe de dicha cuantía y cotice por ella, NO puede no incluirse en la Base de Cotización porque NO es ninguno de los tipos que no deben incluirse (los que te he indicado al principio).
Espero haberte ayudado un poco más,
Un saludo.
