Hola,
En ese caso eres un mero mediador en el pago, por tanto dicho ingreso tiene el carácter de suplido (un ingreso que no es tal ya que tu lo único que has realizado es cobrar en nombre del transportista al cliente para luego ingresarle dicha cuantía) y por tanto, no entra en juego de cara al IVA. Quizás sería recomendable indicar dicho aspecto en los tickets/facturas, además de tener los justificantes que permitan concluir el carácter de esos movimientos.
Otro aspecto es que tú negociaras algún tipo de tarifa global con el transportista, entonces fiscalmente el pago al transportista contendería un IVA soportado y la tarifa de envío que cobrases a tus clientes sería IVA recaudado.
De todas formas, en el primer supuesto -tu no obtienes ganancia alguna con los gastos-, considerarlo como un suplido tiene el mismo resultado económico (excepto que entraran operaciones exentas/prorratas/sectores diferenciados) que "meter" las operaciones en el ámbito del Impuesto, puesto que el IVA cobrado a tus clientes sería igual que el IVA soportado por los pagos al transportista: uno se compensa con otro. En tus declaraciones es cierto que tendrías una base mayor, tanto en ingresos como en gastos, pero el resultado sería el mismo.
Espero que así te haya quedado más claro,
Un saludo,