Hola,
Si, como parece que es tu caso, la Administración tributaria autonómica competente ha tenido conocimiento de dicho cuaderno particional -p.ej., porque se adjuntó a la autoliquidación del Impuesto sobre Sucesiones-, los cambios que se realicen no supondrán la anulación de las consecuencias tributarias del primero -la conmutación- y esta modificación, además, puede conllevar más hechos imponibles sujetos.
Es decir, una vez que civilmente se ha realizado de manera válida un contrato, a pesar de que se haya documentado de manera privada -es decir, sin elevación a público ante Notario-, referido acto tiene unas consecuencias fiscales "que no se pueden deshacer" -excepto que el contrato original tenga alguna cláusula suspensiva o cumpla alguna de las causas legales tasadas por las que devenga nulo-. La tributación que se ha de afrontar en cada caso es consecuencia de los actos civiles que se realicen, no a la inversa.
Por tanto, una vez conocida por la Administración la conmutación del usufructo viudal no prevista en el testamento, las consecuencias fiscales del mismo persistirán, no existiendo manera alguna de evitarlas y si existe algún cambio de titularidad posterior para volver a la situación en el que hubiera quedado la adjudicación hereditaria sin dicha figura, esto supondrá una nueva cuantía de ITPAJD/ISD que afrontar.
Un saludo,