Error certificado de retenciones. Liquidación provisional

La empresa realiza de forma incorrecta las retenciones durante todo un ejercicio,  Contabiliza mal es gasto deducible en concepto de cotizaciones a la Seguridad Social y emite el certificado de retenciones indicando un gasto deducible superior al que se debió ser en realidad.

Ahora le llega el trabajador el recado en forma de liquidación provisional.

¿Existe posibilidad de librarse y que sea la empresa la que se coma el marrón, ya que es ella la que se ha columpiado?

A ver si he entendido bien: ¿Dices que en el certificado de retenciones, hecho por la empresa, figuran gastos por cotización a la SS por importe superior al real, y que el trabajador los ha declarado tal cual por lo que le ha llegado una liquidación provisional?
Si es así, tiene que hacer alegaciones adjuntando copia del certificado para evitar la futura sanción. La liquidación la tendrá que pagar dado que supongo que es correcta, ¿o no es así?

Así es.

La situación es un tanto compleja, pues se trata de un prejubilado con cotizaciones de convenio especial de por medio.

Puede que la liquidación sea correcta o no. A saber con el carajal que han montado.

Si Hacienda ha liquidado corrigiendo el importe de la SS y poniendo el importe correcto, la liquidación resultante es correcta y es la que hubiera salido si el certificado no tuviera ese error. O sea que por ahí no habría ningún perjuicio para el trabajador, según entiendo.
Lo importante es evitar la posible sanción, para lo cual hay que dejar claro que el declarante no tiene ninguna culpa por ser error del certificado.