IRPF deducción conyugye a cargo

Caso matrimonio cobrando pensión x invalidez y  con discapacidad de ambos , este año han tenido los dos rendimientos por debajo 8000 euros. Pero al cumplimentar la declaración solo aplican deducción de 1200 euros a uno de los dos cónyuges. Todos los años me habían aplicado 1200 a cada cónyuge. Tenéis información respecto?

En primer lugar, el borrador es eso: un borrador, un cálculo preliminar sobre el que realizar modificaciones hasta conseguir el documento definitivo. Así que, si revisas los requisitos de la deducción y las rentas de la persona que crees que genera el derecho, y ves que todo es correcto, no dudes en poner la deducción tú.
Revisa si ha ocurrido algún cambio en la persona que debería generar el derecho: ¿Ha adquirido o transmitido algo, un inmueble, acciones...? ¿Ha pasado de pensión por incapacidad a pensión por jubilación, por edad? ¿Ha percibido alguna subvención, tipo el bono social térmico, que tenga que considerarse para calcular el importe de las rentas anuales? 

El rendimiento de que casilla es el que se mira para los 8000  euros? No sabía que se podía cobrar recíproca ente, creía que solo la podía cobrar un cónyuge... 

No es una única casilla, Son varias que hay que sumar: la 22 es la típica que mira todo el mundo, pero también hay que sumar, a las rentas del trabajo, las imputaciones inmobiliarias, los rendimientos netos de arrendamientos o ganancias, etc. Todos los rendimientos netos obtenidos en el ejercicio. Su suma debe ser inferior a 8.000.

Gracias @enasua y sabeis si puede hacer reciprocamente o solo un conyuge puede pedirla?

Si ambos cónyuges tienen una discapacidad a efectos de IRPF, no generan derecho  a la deducción por ascendientes o descendientes a cargo, y ninguno supera los 8.000 euros de rentas, pueden aplicarla las dos.

Hola, muchas gracias por tu respuesta.
He introducido los datos en declaración individual  marcando la casilla en los datos personales y me aplica la deducción a los dos 1200 euros.
Si traslado los datos iniciales de ingresos a ambos cónyuges para calcular la más ventajosa solo me admite l deducción de uno de nosotros.
Desconozco el porqué. Tenéis alguna idea de porque puede ser ?en el borrador de ambos me aparece la posibilidad de que los dos podemos podemos incluir los 1200 euros. 

Parece, por lo que dices (aunque no sé si es que no te he entendido), que el problema es que estás sumando, en una de las dos declaraciones individuales, el total de ingresos de los dos, creyendo que así la haces "conjunta", y, lo que haces, es sumar ingresos a uno, por lo que parece que tiene más de 8.000 euros de rentas y ya no da derecho a la deducción del otro.
No tienes que trasladar nada: tú pones, a cada uno, sus ingresos: al primer declarante, lo suyo; y, al cónyuge, lo suyo. Y, al ir al resumen de resultados, te salen 3 declaraciones: las dos individuales y la conjunta. Y ya ves cuál es más beneficiosa.

La única opción que me aplica reducción 1200 euros si en la pagina de inicio selecciono casilla individual, de manera que introduzco solo datos de un declarante 
Si optó por la opción de traslado de datos y opción más ventajosa en el resumen me aparecen tres conjunta y dos individuales y en uno de los cónyuges no me aplican los 1200 euros.

Hay algo que no está bien, y no sé qué.
Vamos a hacerlo desde el principio:
Entra en RentaWeb de cualquiera de los dos cónyuges y pon "nueva declaración". Nada de continuar con lo anterior: empieza de 0.
Lo primero que te va a salir es la página de datos personales: asegúrate de que consta marcada la casilla de discapacidad de ambos cónyuges, y pon el número de referencia del cónyuge (o el método de identificación que uses) para que coja los datos de ambos (flecha negra). No marques la casilla de "declaración individual" que hay en la parte de arriba (flecha roja).

Una vez hecho eso, dándole a "aceptar", ya debe salir el resumen de resultados con 3 posibilidades: renta conjunta, renta individual del primer declarante, renta individual del cónyuge.
Comprueba si, en las individuales, está, en la parte de abajo, la deducción de 1.200 euros (y, en ese caso, 2.400 en la conjunta).
Si aparece en una, y no en las dos, habrá que comprobar otras cosas: ¿Habéis cobrado esa deducción de manera anticipada (100 euros al mes)?; el importe de las rentas netas de la persona en la que sí aparece la deducción ¿Es inferior a 8.000 euros (suma, a lo de la casilla 22, las imputaciones inmobiliarias, los rendimientos netos de capital mobiliario, etc)?
Si crees que sí se cumplen los requisitos, ve a la declaración individual del cónyuge al que no le aparece la deducción y aplícala manualmente.