Pasa la pregunta al foro de fiscalidad, aunque solemos mirar los dos, por si acaso allí hay mas gente que pueda responder.
Te tienes que descargar el programa padre de cada uno de esos ejercicios, volcar los mismos datos de ese año y corregir el dato de la deducción de vivienda habitual, marcando la casilla de declaración complementaria. Se mete también el importe ingresado o que te devolvieron y te saldrá la diferencia a ingresar, te vas a al banco y lo pagas y la presentas allí o en la delegación de la AEAT.
No obstante, me parece muy cómodo por su parte obligarte a hacerlas tú, si están tan seguros de que son incorrectas, que las hagan ellos. Yo, con los riesgos que pueda suponer, si no veo claro lo de las complementarias, les respondería que carezco de la capacidad de hacerlas y que hagan el favor de regularizar ellos si procede.