No es ningún conflico, haces bien queriendo aclararlo. Te detallo (vamos que te vas a cansar de leer) porque no está bien esa explicación que te han dado sobre la reinversión en vivienda habitual, así que vamos a ir por partes.
Para reinvertir en una vivienda habitual lo primero que debes considerar es que la que vendes sea tu vivienda habitual, la normativa dice:
"Las ganancias patrimoniales obtenidas en la transmisión de la vivienda habitual del contribuyente pueden resultar exentas, cuando el importe total obtenido por la transmisión se reinvierta en la adquisición de otra vivienda habitual".
El primer requisito para que la antigua sea vivienda habitual es que lo haya sido como mínimo 3 años, como ya dijiste que habías estado 4 años por eso no te dije nada al respecto. Pero en los casos que hayas estado menos de 3 años se entiende justificado y que por lo tanto no deja de ser tu vivienda habitual, cuando la dejas por circunstancias que necesariamente exijan el cambio de domicilio, tales como celebración de matrimonio, separación matrimonial, traslado laboral, obtención del primer empleo o cambio de empleo.
Si la hubieras vendido en el momento de irte podrías haber realizado la reinversión hubieses estado más o menos de 3 años porque era por motivo justificado.
Ahora bien la has vendido (o estás pensando si venderla) año y medio después cuando ya no es tu vivienda habitual, así que la justificación del trabajo no sirve para nada porque no estamos discutiendo si estuviste más o menos de 3 años.
Pasemos al siguiente punto que te han explicado lo de venderla dentro de los 2 años después de desocuparla, que en mi opinión es la clave. La normativa dice lo siguiente sobre el plazo para reinvertir:
"La reinversión del importe obtenido en la enajenación deberá efectuarse, de una sola vez o sucesivamente, en un período no superior a dos años, contados de fecha a fecha, que pueden ser no sólo los posteriores sino también los anteriores a la venta de la anterior vivienda habitual."
Como ves en la explicación el importe obtenido de la enajenación (vamos el valor de venta), debes usarlo para comprar una nueva vivienda en un plazo de dos años antes o después de la venta.
Entonces pongamos un ejemplo para entenderlo más fácil (que a estas alturas ya llevamos mucha explicación teórica), en el caso que primero compres una nueva vivienda habitual:
Si cuando te fuiste te hubieras comprado una casa y ahora vendieses la antigua dentro de los 2 años no habría ningún problema, porque la normativa entiende (como es de cajón) que si te compras una nueva casa te vayas a vivir a ella y la otra deja de ser vivienda habitual mientras la vendes en un plazo máximo de 2 años, la dejes como segunda vivienda o la alquiles eso daría igual.
Pero el caso es que no dejó de ser tu vivienda habitual porque te comprases otra y te fueses a vivir a esa nueva sino que te fuiste de alquiler (ahí está el problema), entonces el plazo de 2 años no empieza a contar por ningún sitio debido a que no has comprado ninguna.
Si primero la vendes el ejemplo sería el siguiente:
Vendes tu vivienda habitual, es decir, has vivido más de 3 años o te has ido por motivo justificado y en ese momento la vendes (no la dejas como segunda vivienda ni la alquilas), entonces comienza el plazo a contar de 2 años para comprarte otra y mientras puedes estar viviendo de alquiler, en casa de familia o amigos, en un hotel, etc.
Vamos que te han mezclado las 2 posibilidades pero de manera incorrecta, claro que no te tienes porque fiar que yo tenga más razón que la persona que te lo haya explicado en la AEAT por eso te voy a poner el enlace y te digo las páginas del manual de la Renta donde explica todo esto y te recomiendo que en caso de dudas hagas una consulta por escrito explicando tu caso y te respondan de manera vinculante (así te aseguras que no pasa lo de "donde dije digo, digo Diego").
Las páginas donde explica la reinversión en vivienda habitual es en la 348 y siguientes y aquí tienes el enlace para descargar el manual en un archivo .pdf:
http://www.aeat.es/AEAT/Contenidos_Comunes/La_Agencia_Tributaria/Informacion_institucional/Campanias/Renta/2009/Ficheros/ManualRenta2009.pdf
Saludos