Compra de local ( en españa ) a español residente en brasil

voy a comprar un local en mi ciudad . 
la persona propietaria es española , pero reside desde hace bastantes años en brasil  . alli tiene su vivienda , cuenta bancaria , ...
viene puntualmente 2 veces al año , en navidades y verano . la idea seria aprovechar una de esas visitas para formalizar la compra .
todavia no esta 100 % confirmados el precio y la forma de pago , pero estamos cerca de cerrrarlo . 

la pregunta seria cual es la mejor forma para hacerle el pago del dinero ( unos 35000- 40000 euros ) .

en el banco me dicen que un cheque bancario ( me dicen que la comision seria de unos 100 euros - me parece poco , no se si habrá mas gastos que no me han querido decir ) .  se le daria ante el notario en el momento de la escritura .  ¿ QUE OS PARECE ESTA OPCION ?  ¿ SABEIS DE OTRA ? me han hablado de una aplicacion movil que tiene pocas comisiones , pero no me fio mucho de estas cosas .

por otro lado la persona propietaria quiere que buena parte se lo pague en B y en efectivo . no se si puedo tener problemas de pagarle asi , si puede
sacar cierta cantidad de dinero en efectivo por la aduana o aeropuerto y que despues me pidan cuentas a mi , ....

agradeceria asesoramiento .

Dices .....

.por otro lado la persona propietaria quiere que buena parte se lo pague en B y en efectivo . no se si puedo tener problemas de pagarle asi , si puede
sacar cierta cantidad de dinero en efectivo por la aduana o aeropuerto y que despues me pidan cuentas a mi , ...

1 - Es ilegal 
2 - Entiendo que esto ya lo sabes, si haces eso, el día que vendas la finca, este importe no existe, con lo cual pagarás impuestos por un beneficio que será real.
3 - Si pasas más de 10.000 euros por la aduana del aeropuerto sin declarar, te arriesgas a su retención que solo podrás recuperar si puedes demostrar que aquel dinero estuvo controlado y fiscalizado, si no puedes no te lo devolverán.
Y ojo con la chararra (monedas) ....diez mil son diez mil ... porque diez mil más 3 dólares, euros o su equivalente en reales brasileños, es más de 10.000.

A más de uno han pillado por llevar 10.000 euros en billetes y unas pocas monedas en el bolsillo.