Cuando se cancela completamente la hipoteca del vendedor (para que el comprador quede libre de esas cargas), esto aparece en la escritura de compraventa. De modo que el pago de la compraventa se divide en dos partes: la parte necesaria para amortizar la hipoteca del comprador (que va directamente para el banco del vendedor) y el resto de dinero hasta llegar al precio de la vivienda (que va directamente al vendedor).
En este caso digamos que todo forma parte del precio de compra, así que se destinan a esos pagos las cantidades de la cuenta vivienda (más las de tu nueva hipoteca como comprador, si es que la necesitas) y ya está.
Pero en tu caso hablas de cancelación parcial por una hipoteca a subrogar, así que no sé si hace falta que aparezca en la escritura esa amortización parcial. Lo que sí que saldrá en la escritura es la subrogación de la hipoteca.
Por otro lado, si sólo haces un pago tú y tu pareja no paga nada, eso podría considerarse donación (no importa si luego en la hipoteca ella paga más que tú, porque la deuda la estáis asumiendo los dos). No sé si a esto le afectaría el hecho de si estáis o no casados (y no sé si el régimen matrimonial afectaría, también).
Una opción en estos casos puede ser hacer un préstamo personal a la pareja (hay que presentar el contrato para que conste en el impuesto de transmisiones patrimoniales. Si bien un contrato personal está exento del impuesto y al final no pagas nada por él), préstamo que la pareja tiene que ir devolviendo (aunque sea sin intereses) para que no se considere donación encubierta.
Pero como es una cuenta vivienda creo que sólo puedes destinarla a la compra (a no ser que devuelvas parte de la desgravación).
La recomendación que te hago es que vayas a tu delegación de hacienda más cercana y preguntes por la sala de información fiscal (se llama algo así).
Allí te lo dejarán todo muy clarito y te dirán qué opción es la que más te interesa.
Ganarás tiempo y seguridad en la respuesta.
Yo he tenido que resolver unas dudas estos días y te aseguro que ir a Hacienda ha sido la mejor opción.