Cancelación de condominio - gastos registrales

Buenas tardes

Recientemente he comprado la mitad de un apartamento a una amiga mía, que ambos teníamos conjuntamente para alquilarlo. Debido a que he tenido que viajar al extranjero, no me quedó más remedio que poner los trámites en manos de una gestoría.
Según me informe de la extinción de condominio (trámite para comprar su parte) se paga sobre la parte proporcional que se compra, en este caso el apartamento estaba valorado en 80.000€, por lo cual debía pagarles sobre la base de 40.000€. La gestora me ha enviado un cobro por este servicio de 163€, pero observando el  RD 1427/1989 por el que se regula el Arancel de los Registros de la Propiedad, observo lo siguiente:

 

Número 2. Inscripciones. 

1. Por la inscripción, anotación o cancelación de cada finca o derecho, se percibirán las cantidades que fijan las siguientes escalas: 

a) Si el valor de la finca o derecho no excede de 6.010,12 euros, 24,040484 euros. 

b) Por el exceso comprendido entre 6.010,13 y 30.050,61 euros, 1,75 por 1.000. 

c) Por el exceso comprendido entre 30.050,62 y 60.101,21 euros, 1,25 por 1.000. 

d) Por el exceso comprendido entre 60.101,22 y 150.253,03 euros, 0,75 por 1.000. 

e) Por el exceso comprendido entre 150.253,04 y 601.012,10 euros, 0,30 por 1.000. 

f) Por el valor que exceda de 601.012,10 euros 0,20 por 1.000. 

Y echando cuentas, veo que la minuta del Registro me debería salir por un poco más de la mitad. Les he pedido la minuta del registro pero aún no la han enviado.
No sé si se me escapa algo o es que han querido darse un capricho a mi costa, si alguien está más informado que yo en estos asuntos, agradecería que me diera su opinión.

Muchas gracias

Pues me ha llegado la minuta y la base imponible es el 100% y no el 50% como pensaba yo y como se tributa en los actos jurídicos documentados, en el Registro me han dicho que es correcto y que si estoy disconforme estoy en mi derecho de recurrir.
Sabéis alguien si realmente es así?
Gracias

Creo recordar que, en otro caso similar planteado aquí, la explicación es que se gira por un 50% que pierde uno y un 50% que gana el otro. Lo digo de forma coloquial porque no recuerdo la explicación literal.

He recabado información del Colegio de Registradores y me han confirmado que se minuta sobre el 100%.
La base imponible baja al 50% en el IAJD, de ahí mi confusión. Gracias 

¿En una extinción de condominio no se tributa precisamente por el IAJD?