Yo he estado haciendo todas las entradas en el Tesoro sin problemas con certificado de la FNMT y ya por curiosidad, como tengo también clave permanente, si lo intentaba con ella me daba error(claro porque no tenía nivel superior y eso no lo sabía hasta ahora).
He obtenido el nivel superior con mi DNI y un lector de tarjetas entrando en el enlace que has puesto de la Agencia Tributaria y he entrado a la primera sin problemas en el Tesoro con cl@ve.
Aquí en este foro se va aprendiendo de todo un poco.