Que la ganancia patrimonial esté exenta no implica que no haya ganancia patrimonial. La SS menciona la ganancia patrimonial a secas, sin excluir la que esté exenta. Que sólo haya retención sobre el 8% de la mensualidad es porque sólo el 8% se considera renta de capital, el resto no se considera renta, esa es la diferencia conceptual con la ganancia, la ganancia está exenta pero existe, mientras que la renta del capital sólo existe en el 8%.
No obstante, al ser un asunto que se presta a la polémica, te recomiendo que hagas la consulta a la SS formalmente, o sea por escrito. Me refiero a la consulta sobre la ganancia patrimonial, indicándoles que está exenta a efectos del IRPF.
El silencio es hermoso cuando no es impuesto.