En teoría no debería afectar.
Porque el Consorcio indemnizará, si es siniestro total, el valor venal menos los restos, y si es reparable el valor de la reparación.
Pero:
En la venta, puedes equivocarte y que te paguen por los restos menos de lo que valen los restos según el perito.
Las aseguradoras suelen pedir un informe a tráfico de quién es el propietario cuando preparan la indemnización. Entiendo que el Consorcio lo va a hacer también.
Y está el detalle del art. 25 LCS:
Sin perjuicio de lo establecido en el artículo cuarto, el contrato de seguro contra daños es nulo si en el momento de su conclusión no existe un interés del asegurado a la indemnización del daño
Además del 34 LCS:
En caso de transmisión del objeto asegurado, el adquirente se subroga en el momento de la enajenación en los derechos y obligaciones que correspondían en el contrato de seguro al anterior titular
Mi opinión, salvo mejor criterio, se podría aplicar por aquí, y que cobrara el nuevo propietario para que el contrato no fuese nulo.
O sea, lo que yo haría es esperar a vender a haber cobrado, y, además, saber quién paga por los restos lo que descuentan de la indemnización por ellos.