En mi opinion, a ser posible, nunca facilitar numeros de cuenta o de tarjetas por internet. Aunque tu tomes todas las medidas de seguridad posibles (incluso accediendo desde un livecd linux) no estaras completamente seguro, ya que es posible que la empresa que recibe los datos no tenga las medidas de seguridad necesarias o sufra ataques de hackers expertos. Y no me refiero solo a tiendas online chafarderas, sino incluso grandes empresas. Hace algun tiempo salio la noticia de que habian robado numeros de tarjetas bancarias de usuarios de playstation (robado de los servidores de sony).
http://www.publico.es/373265/sony-reconoce-el-robo-de-datos-de-tres-millones-de-espanoles
De las opciones que planteas:
1.Cuenta + Tarjeta de debito, tiene el problema de que algunos bancos permiten algun descubierto incluso con tarjeta de debito, con lo cual te podrias llevar una sorprea, incluso con esta combinacion si alguien consigue los numeros tarjeta, podria ir intentando hacer cargos esporadicamente, y si algun dia coincide con dinero....
2.Tarjeta Prepago, es mejor opcion, pero al igual que en el caso anterior al ser siempre el mismo numero de tarjeta la que vas recargando, si alguien consigue ese numero y va haciendo intentos esporadicos, alguna vez te puede cazar algo de dinero.
En mi opinion la mejor opcion para compras en internet son las tarjetas prepago virtuales individuales, las creas solo con el dinero que vas a gastar en una compra determinada, y utilizas el numero una sola vez. Para cada compra te creas una nueva tarjeta virtual (cada tarjeta que creas tiene numeracion diferente).
Casi todos los bancos disponen de ellas, yo utilizo las de EVO, tardas 30 segundos en crear una, y son totalmente gratuitas. Las puedes crear en euros, dolares, libras,..(muy util si compras en tiendas online extranjeras) Ademas cuando la creas puedes asociarla a la tarjeta de credito fisica de EVO , con lo que consigues un descuento de un 1% de todo lo que compres por internet. A mi me va perfecta, pero es cierto que son las unicas tarjetas virtuales que he utilizado, por el foro te podras informar tambien de las de otros bancos.
Un Saludo.