Si eres el comprador y lo haces con hipoteca a través del banco, creo que debería darte un poco igual, ya que el banco se encarga de todo.
Si eres el comprador y lo haces por tu cuenta (juntando ahorros, herencias o lo que sea) y no necesitas hipoteca, te lo tienes que gestionar todo tu mismo. En ese caso, tal vez, sea más sencillo pasarte por tu oficina el mismo día de la firma (avisando mejor con antelación por si tiene que estar el director, interventor o similar) y hacer el cheque bancario en el momento o preparándolo con antelación de varios días si es a través de ING. Si lo haces con transferencia OMF, creo que la forma de hacerlo es dejando la orden dada con antelación, pendiente de ejecutarla mediante llamada telefónica cuando estas en la notaría. No soy experto en estos temas, pero le veo más posibles puntos de fallo a este método que llevar el cheque encima y entregarlo.
Si eres el vendedor, el cheque bancario garantiza el dinero, ya que está apartado en una cuenta del banco hasta que se cobra. Pegas, que tarda varios días en estar disponible una vez lo ingresas y que dependiendo de tu banco, podría cobrarte comisiones por ingresarlo.
La transferencia OMF, en principio bien, tienes el dinero el mismo día, pero tengo entendido que no es inmediata, puede tardar media hora, una hora, 2 horas... y yo no me iría de la notaría (o no firmaría) hasta que viera el dinero en mi cuenta por la app del movil.
Pero en resumen, lo que menos te cueste, ya que sobre importes de compra de vivienda un 0,1% de diferencia en la comisión entre uno y otro método es un buen pico.