Desconozco lo que pusiste o dejaste de poner en tu solicitud, pero tienes 30 días para reclamar sobre dicha denegación. Lo que se necesita adjuntar (los certificados de nacimiento no son necesarios) son solo los DNI de todos los miembros de la unidad de convivencia, los libros de familia (tienes dos libros de familia que es lo que entiendo) que es de donde viene el problema, porque se pueden liar con eso y un certificado de empadronamiento histórico y colectivo que refleje que los cinco estáis empadronados en la misma dirección desde hace más de seis meses, así como algún tipo de documento que acredite que formáis pareja, que es lo que os habrá echado para atrás el asunto.
En tu reclamación asegúrate que todo lo anterior sea correcto y si no lo enviaste en su momento, adjúntalo ahora, indicando claramente que uno de los menores no tiene padre (en el libro de familia debe aparecer "padre desconocido" o algo así) aunque no por ello te concederán monoparental, ya que para ello los tres deberían estar en la misma situación.
Si no tenéis documento alguno que acredite vuestra relación, indica que ambos progenitores convivís juntos y formáis pareja, pero lo más probable es que sin algún documento legal que acredite sois pareja no atiendan tu reclamación, así que os tocará inscribiros como pareja de hecho y volver a echar la solicitud más adelante si quieres que os concedan el IMV.