Si la percibías por violencia de género, pero cometisteis el error de declararla como ingresos en el IRPF (algo que no hay que hacer, pues la RAI por VG esrá exenta de declararse como lo es también el IMV en los límites tributarios legales), pues es normal que te la descontasen del IMV.
La declaración de la renta no es limitarse a confirmar el borrador y enviarla... se tiene que revisar para comprobar que todo esté aplicado correctamente y declarar solo lo que corresponda declararse.