Presentar facturas de autónomo siendo S.L.

 Hola,

Estoy dado de alta como autónomo y quiero hacer una S.L. El problema que tengo es que algunas de las facturas que recibo como autónomo no voy a poder solicitar que me lleguen con los datos de la SL y me llegarían con NIF y mis datos de autónomo.

Vendo a través de marketplaces y una vez registrada la cuenta con los datos fiscales del momento, luego no te permiten modificarlos. Te obligan a crear una cuenta nueva, pero pierdes toda la relevancia en estas plataformas, es como empezar de 0 y las ventas caerían un 100%.

La SL estaría al 50% repartida conmigo y otra persona. ¿Si hago la S.L. podría presentar 2-3 facturas con los datos de autónomo que tengo actualmente, en lugar de con el CIF de la S.L?

Muchas gracias. 

Las únicas facturas deducibles para la persona jurídica SL son aquellas en que el destinatario de la factura sea la persona jurídica SL.
Para el impuesto de sociedades sería una irregularidad bastante grande. Para el IVA es ya directamente un incumplimiento formal que hace que no sean deducibles en ningún caso.

Puedes mantener tu actividad como autónomo, y repercutir esos importes que te facturan a ti como persona física contra la SL (emitir una factura tuya contra tu SL).

Pero si hago eso debería pagar cuota de autonomos como persona fisica y juridica, no?

Autónomos solo se paga una vez. La afiliación es única por todas las actividades que desarrolles.
Lo que sí deberías hacer es permanecer en alta como autónomo persona física, y llevar adecuadamente la contabilidad y liquidación de impuestos.
Es un caso algo peculiar, pues en lugar de lo típico de sociedad interpuesta, aquí estamos ante un autónomo interpuesto.