Si echas un vistazo al programa PADRE, verás que no te pide el número de acciones. Solamente cuanto has obtenido por la venta y cuanto te costó lo que has vendido. En el PADRE 2012 tienes, si has tenido ganancias, que acotar las fechas según un listado que se despliega.
Para calcular la ganancia/pérdida, tienes que realizar la operación:
(Precio de venta - Gastos de venta) menos (Precio de compra + Gastos de compra)
El dinero recibido por venta de derechos, minora el precio de compra de las acciones. Excepto si la venta de los mismos no la haces en el mercado y te los paga la empresa. En este último caso, se consideran que son dividendos y te harán la oportuna retención del 21% y los declaras en el año en que los cobres.
A efectos fiscales, no veo sentido hallar los precios medios. Lo que te sirve cuando vendes un lote de acciones es el precio a cómo lo compraste y a cómo le vendiste. Y si tienes varios lotes de acciones, por ejemplo en un año haces una compra cada trimestre y tienes cuatro lotes, cuando vendas las acciones aunque hagas la venta de todas acciones juntas, deberás declarar cuatro compraventas, cada una con su ganancia/pérdida. No te valdría calcular el precio medio de todas las compras del año para calcular la ganancia/perdida.
Y para liarlo más, en las compraventas que hagas en este año 2013 y siguientes, habrá que diferenciar las que han tenido un plazo de generación de hasta un año de las que el plazo de la compraventa haya sido superior al año.
Si eres soltero y sin cargas familiares y no tienes más que 5.151 euros de rendimientos, no tienes que pagar nada. Aunque si superas los 1.000 euros de ganancias por compraventa de acciones, estarás obligado a presentar IRPF aunque el resultado sea cero. En definitiva que hacienda te "perdona" la tributación de los primeros 5.151 euros, porque supone que los necesitas para seguir viviendo ;-)
Saludos.