Entiendo que en este 2013 tienes una deducción por un importe que fue cobrado en el 2012 y declarado.
Si el importe deducido que rectificaría la declaración del 2012, no es significativa con respecto al total a declarar en este 2013 , puedes declarar este 2013 el importe una vez deducido el exceso declarado en el 2012.
Si es significativo , es necesario y lo mas ortodoxo, el solicitar una rectificación del ejercicio 2012 Solicitando Ingresos Indebidos , mediante un escrito donde expongas las causas de la rectificación y les calcules el efecto fiscal de minorar el salario declarado y solicites la devolución de esa cifra.
http://www.agenciatributaria.es/static_files/AEAT/Contenidos_Comunes/Modelos_y_formularios/Formularios/Formularios_para_Tramites_ante_la_Agencia_Tributaria/comunica.pdf
Este formulario puede servir para la solicitud.
En este ultimo caso declaras como salario el correspondiente al 2013 sin deducir el exceso del 2012 , ya que solicitas de rectificación de este exceso.
Saludos