Eso no debe afectar para nada.
Cuando se consttuyó el usufructo, se debió valorar de forma independiente lo que era el valor fiscal de usufructo para el padre y para la madre.
El usufructo del padre se extinguió por fallecimiento, y entonces el negocio jurídico que sucedió fue la consolidación parcial de pleno dominio, que ya debió tributar por ITP.
Ahora se extingue el usufructode la madre, por transmisión a un tercero, que consolida en sí el pleno dominio al haber adquirido tambien la propiedad (nuda), al dueño.
El negocio jurídico que acontece en esta segunda extinción es una posible ganancia o pérdida patrimonial, sujeta a IRPF, por la diferencia entre el valor original residual que tuviese el usufructo constituido, y el precio recibido ahora.
El fallecimiento del padre solo altera el cálculo en el caso de que el usufructo del padre fuese de dos vidas, la propia y por sucesión la de la madre. Entonces al fallecimiento del padre aconteció otro negocio jurídico, que fue la adquisición mortis-causa de esa otra parte de usufructo. Pero no has indicado nada al respecto, así que considero que fallecido el padre, extinguido su usufructo.
la plus belle des ruses du Diable est de vous persuader qu'il n'existe pas!