Bueno, no pagas AJD porque pagas TPO y ambos son incompatibles entre sí para un mismo hecho imponible como sería la compra de una vivienda. Como la constitución de una hipoteca es un hecho imponible distinto, formalizado en escritura, con contenido valuable e inscribible en un registro público, si está sujeto a AJD.
No es que sea negociable, lo que pasa es que depende de las cantidades cubiertas por la hipoteca, cuanto mayores sean, más pagas, ya que la base comprende tanto el principal del préstamo como las cantidades cubiertas para pago de intereses y gastos. Dudo mucho que puedas negociar esas cantidades con el banco puesto que son porcentajes que aplican ellos sobre el principal de manera casi automática.