a falta de mejor respuesta, te diría que, por ejemplo, hay otra deducción por inversión en empresas de nueva o reciente creación, que existe para la parte estatal y Madrid también la tiene, donde se dice explícitamente en la parte estatal que la misma cantidad no se puede deducir también en la deducción autonómica.
Pero en la deducción de vivienda no encuentro nada parecido; la ley permite por un lado a las autonomías modificar el porcentaje de su tramo autonómico en la deducción estatal que existía anterior a 2013, pero creo que solo Cataluña lo hizo.
Y luego la comunidad autónoma puede fijar sus propias deducciones, y podría indicar que esas deducciones suyas son incompatibles con la estatal o sustituyen a esta (por ejemplo, en CyL lo indican para ciertos casos en el impuesto de Sucesiones), pero creo que en las que indicas de Castilla y León no señalan nada explícitamente.
Por ello, te diría que salvo que haya algún artículo legal que señale de forma genérica que si las Comunidades Autónomas legislan deducciones sobre vivienda sustituyen al tramo autonómico, entonces tendrías derecho.
Consúltalo con ellos, o aplícala a ver que te dicen posteriormente. Es más, si tienes derecho, podrías solicitarla para todos los años no prescritos (desde 2014, que prescribe a finales d ejunio). Tendrías que enviar un escrito solicitando la rectificación de la liquidación para todos esos años, explicando el caso y solicitando que la Agencia Tributaria modifique la declaración, a ver qué te dicen.
