Las cuotas sindicales y los gastos de colegiación (éstos, cuando la colegiación es obligatoria) son “gastos deducibles de los rendimientos íntegros del trabajo”. Al incluir aquellas cuotas y gastos lo que se produce es una disminución del rendimiento neto previo (casilla 0017) y por tanto será menor la base sobre la que se calculará la cuota del IRPF. Por tanto, incluir cuotas sindicales y colegiación sí que produce normalmente un menor importe a pagar (o uno mayor a devolver) que el que aparece inicialmente en el borrador. Revisa los datos que has metido en las casillas respectivas de “gastos deducibles” de la ventana que se abre en la casilla 0003 del borrador. Incluir esos gastos tiene que arrojar normalmente un resultado final distinto al que se obtenía sin incluirlos.
Quizá te confundas con el hecho de que las cuotas sindicales y los gastos de colegiación no son “deducciones de la cuota” y no aparecen en las casillas correspondientes a las deducciones generales (por adquisición de vivienda habitual pre 01-01-2013, por donativos, por inversiones en empresas de reciente o nueva creación, etc).
También puede ser que el resultado de la declaración de tu mujer, antes de incluir las cuotas sindicales y la colegiación, sea que le devuelven el total de lo que le han retenido de IRPF. En ese caso, incluir estos gastos no le va a suponer ningún importe adicional a su favor, pues sin ellos ya le devuelven todo lo que ha pagado previamente vía retención.