IVA deducible para IRPF en regimen de equivalencia?

Sí, por supuesto. En tu régimen especial, todo lo que sea IVA que no hayas podido deducir "del IVA", se peude deducir del IRPF.
Tú presentas el modelo 309 solo para "devengar" y pagar IVA, pero no para deducir. Así que lo que pagas por el 309, lo puedes llevar a tu IRPF como gasto.

hola,

muchisimas gracias por tu respuesta. pues resulta que mi asesor no lo ve asi y dice que ese gasto no es deducible. como mi conocimiento en fiscalidad es nulo, no soy capaz de rebatirlo. Serias tan amable de citar algun documento oficial que trate este tema? seria mucho pedir? he buscado mucho pero no he encontrado informacion explicita al respecto.

muchas gracias de nuevo

Hola Cachilipox

me comenta mi asesor que como la factura no incluye IVA, ese IVA pagado en el modelo 309 no se puede deducir. Esto es cierto? gracias

Por supuesto que sí y por supuesto que no.
El IVA es un impuesto MUY formalista. Exige la existencia del documento que acredite el IVA pagado, y no cualquier documento, sino unos pocos muy concretos, con una serie de requisitos y contenidos.
Es cierto que tus facturas de compras intracomunitarias no incluyen la cuota del IVA, y por tanto ahí no hay ningún IVA a deducir.
Pero en el Modelo 309 sí hay una cuota de IVA pagada, y están reflejados tus datos.
Hay ciertas operaciones que no exigen "la factura" para ser deducibles. El caso más paradigmático es una escritura de compra de obra nueva inmobiliaria, por ejemplo.

O sea, formalmente tu asesor tiene razón en que esas "facturas", al no llevar IVA, no puedes deducirte del IVA. Sí que sería deducible en el IVA todo el IVA pagado por importaciones y operaciones intracomunitarias, acreditado mediante el "modelo 309".
Pero como no aplicas IVA, pues estás en RE, la cosa al final se va al IRPF.

En IRPF, hay cosas más laxas, y cosas más estrictas. Respecto de los gastos, la norma del IRPF exige "acreditar" la existencia del gasto, y que ese gasto sea "obligatorio, necesario y directamente vinculado con la obtención de ingresos".
Lo que acredita el gasto es precisamente el modelo 309. Y este modelo solo lo pueden presentar aquellos que actúen como empresarios, no como particulares, y la liquidación del IVA y su recargo es exigida por ley.
Así que sí puedes contabilizar una partida de gastos, en el IRPF, por "Modelo 309 adquisiciones intracomunitarias".

(Nota: es norma general del IRPF al momento de calcular lo que es renta, incluir dentro de los gastos de adquisición aquellos otros gastos "inherentes" a dicha adquisición. Así por ejemplo, las comisiones de corretaje y bolsa en adquisición de acciones, o los gastos notariales y tributarios en adquisiciones de bienes inmuebles o muebles,..... Este IVA por adquisiciones intracomunitarias es un gasto plenamente "inherente" a la naturaleza de dichas adquisiciones)