Ganancia patrimonial - Discrepancia Valor Fiscal ISD

A ver si alguien me puede ayudar. Mi madre falleció en 1999 pero no hice la partición y adjudicación de herencia hasta que tuve la oportunidad de vender los dos inmuebles que me dejó. En 2008 firme la adjudicación de uno y lo vendí y en 2016 firmé la adjudicación del otro y lo vendí. En ambos casos no pagué impuesto de sucesiones por prescripción. 
Pues bien, respecto a la venta de 2016, por error, la omití de la declaración de la renta (confirmé borrador sin darme cuenta de que la venta no figuraba) y en diciembre de 2020 la AEAT me abrió una comprobación limitada para comunicarme que habían detectado la omisión me pidió documentación para comprobar si había habido una ganacia patrimonial en dicha operación. Yo les llevé la documentación de la herencia y de la venta para justificar que vendí a perdidas ya que, para la herencia, mi comunidad autónoma valoró el inmueble en 138.000 € y yo lo vendí por 90.000 €. Pues bien, en la AEAT me dicen que debo justificar valor de adquisión a efectos de impuesto de sucesiones con fecha 1999. Y he consultado ese valor y es la tercera parte menor que el de 2016 y me tocaría pagar por ganancia patrimonial más los recargos.  Mi pregunta es ¿puede la AEAT  rechazarme el valor de 2016 y coger el de 1999? ¿La prescripción no interviene en este caso?. Os agradezco de antemano vuestra respuesta. Un saludo.