Implicacion de haber presentado liquidacion IVA con repercusión de IVA cuando la actividad realizada era exenta

Buenos días,

Nos encontramos ante una empresa que ha presentado declaraciones de IVA con resultado a pagar por una actividad que resulta que es exenta.

En las liquidaciones ha repercutido el IVA que aparecía en las facturas emitidas y ha aplicado como iva deducible el soportado por su actividad.

Ahora resulta que las prestaciones de servicios que realiza son exentas y debe iniciar un procedimiento de rectificación de facturas emitidas.

Qué ocurre con las cuotas de IVA soportado que nos hemos deducido? La administración nos hará ingresarlas ya que realmente no teníamos derecho a su deducción al tratarse de una actividad exenta? 

Muchas gracias por sus comentarios.

Saludos,

Lo primero será presentar una solicitud de rectificación y devolución de ingresos por el importe ingresado.
Lo segundo será, como indicas, la rectificación de facturas con devolución del IVA indebidamente repercutido.
El IVA soportado tiene la consideración de mayor importe de las compras y como tal será gasto deducible en el Impuesto que corresponda según se trate de una sociedad o persona física.