Las complementarias has de hacerlas todas, Hacienda tenía habilitados en Web Renta hasta el ejercicio 2018 pero el día 12 pasado a habilitado también los ejercicios 2016 y 2017. Como son abonos casi seguro que te van a salir a pagar, ya que el 15% de retención raramente cubrirá la cuota a pagar.
Cuando clikes en "Modificar Declaración Presentada" te vas primero al Resumen de Declaraciones, introduces los nuevos datos, intentas la presentación y te aparecerá un error rojo bajo el fondo amarillo, clikas en "Ir al error", te va a llevar donde se marcan 107 o 127, pero como la declaración ya ha calculado el resultado y sabe si es a pagar o a devolver, ya aparece por defecto la casilla marcada, te saldrá un desplegable, marcas lo que corresponda, atrasos de rendimientos, aceptas y listo para hacer la presentación real.
Por si te sirve de algo, yo en lugar de sumar a los ingresos que figuran en la renta original los atrasos y las retenciones, lo que hago es dar de alta un rendimiento nuevo en el desplegable de captura de datos en Rendimientos de trabajo y ahí figurar los atrasos y retenciones, así, no me equivoco al sumar. Espero te sirva de algo esta explicación.