Debes de tener en cuenta que todo el saldo de la cuenta vivienda debe emplearse en la adquisición de la vivienda antes de febrero de 2010.
A partir de lo anterior debes hacer tus propias cuentas, para saber cuánto tienes que pagar al constructor, procedente de la cuenta vivienda y cuánto tienes que pagar procedente de otras fuentes.
También depende de cuándo finalice la construcción de la vivienda. Si es antes de febrero de 2010 entiendo que lo mejor es meter en la cuenta vivienda la diferencia entre los 9.015 euros y lo pagado al constructor de otras fuentes, y en el momento de la escritura (siempre antes de febrero de 2010) destinar el saldo de la cuenta vivienda al pago de esa compra.
Si la construcción finaliza después de febrero de 2010, entiendo que lo mejor (si puedes) es meter en la cuenta vivienda los 9.015 euros, deduciendo por ellos, y pagar al constructor de otras fuentes distintas a la cuenta vivienda (dinero no desgravado). Y hacer un pago al constructor antes de febrero de 2010 con todo el saldo de la cuenta vivienda. Demoras así los plazos "fiscales" para la finalización de la construcción, que es de cuatro años a contar desde el primer pago con dinero desgravado o con derecho a desgravar.
Saludos.