Lo primero es saber si os habéis adjudicado ya la herencia en escritura en proindiviso o no, puesto que el procedimiento puede ser distinto.
Si ya lo habéis hecho, ahora hay dos proindivisos a romper, uno con cada inmueble. En el primer caso, la mas barata, el que se la queda tiene que pagar la parte del otro, según el valor que tenía cuando se hizo el proindiviso, no el de mercado actual. Es decir, debes pagarle el 25% inicial según el valor en el momento de su adquisición, y el otro 25% de la herencia, según el valor a fecha de fallecimiento de tu madre.
A su vez, tu hermana debe pagarte por tu mitad del segundo inmueble, a valor de fecha de fallecimiento.
Ambas operaciones tributarían en AJD al 1% o el que tenga la CA, sobre la base del valor total del inmueble.
Si lo planteáis como una permuta sale peor puesto que tributan ambas como ventas, en TPO, a tipos del 8% o mas.
En caso de que la herencia no se haya adjudicado, se podría hacer de otra manera, os adjudicáis la herencia de la siguiente forma: tu hermana se queda con el 100% de la segunda vivienda y tú con el 50% de la primera. Según esos valores, tu hermana lleva de mas 45.000 euros (120.000+30.000)/2= 75.000 cada una, como lleva la casa de 120.000, lleva un exceso de 45.000, que debería abonarte para que ese exceso no tribute en TPO.
A su vez, deberíais hacer la extinción del condominio de la primera tal como he dicho antes y pagarle tu su 25% inicial, de manera que quedes tu como propietaria de la totalidad de esa finca.