El IVA es un impuesto que no se tiene en cuenta para las ayudas. Siempre que calculan las ayudas, se hace sobre el importe de la vivienda, garaje y trastero (sin iva).
Los gastos como consecuencia de la compra de la vivienda (notaría, registro y gestoría) tampoco se tienen en cuenta a la hora de calcular ayudas.
Lo que si son desgravables en el IRPF todos esos gastos como consecuencia de compra de vivienda habitual con el límite de 9015 euros por declaración.
Respecto la subsidiación:
2. La cuantía anual de la subsidiación será descontada previamente por la entidad de crédito de las cuotas que corresponderían en concepto de amortización de capital e intereses, o sólo de intereses en el período de
carencia, cuando proceda, en la parte prorrateada que corresponda a cada vencimiento.
Con la amortización parcial, efectivamente no se puede reducir el préstamo por debajo del 60%. Lo que no tengo claro, y esto habría que confirmarlo bien con el banco o la consellería de Vivienda, si se tienen en cuenta los pagos habituales de cada cuota a la hora de poder bajar ese 60% del préstamo. A un forero, no recuerdo ahora quien, le indicaron en su entidad que realizando pagos normales de la hipoteca, aunque reduzcas por debajo del 60%, no existía la penalización.
Saludos.