Si... la Seguridad Social te la restará del IMV aunque la otra persona no te la esté pagando... La única forma de que no te la descuenten sería ponerle una denuncia por impago de pensiones alimenticias y adjuntarlo a tu expediente del IMV, y aun así vete a saber si le hacen mucho caso o no en la Seguridad Social porque van a tiro fijo...
Mi recomendación al respecto sería que tengas en cuenta que te lo van a descontar del IMV si o sí, y que interpongas denuncia por impago de pensiones y reclamación de cantidad correspondiente al padre de la criatura. Puedes solicitar Justicia gratuita y abogado de oficio al respecto y es un proceso sencillo, por lo que no tendrás problemas.