Subrogación empresarial, número de pagadores y obligación de presentar Declaración de la Renta.

La empresa debería ser la penalizada, pero ella es posible que te "reclame" a ti la diferencia que le hacen ingresar.
De todas maneras como en la pregunta del Informa dice:

Que, consecuentemente con lo anterior, se produzca una continuidad efectiva en el procedimiento de retenciones aplicado a los trabajadores que se traspasan a la nueva entidad o a la entidad absorbida.

En algún caso pueden interpretar que si esto no ha sido así, ya no sea aplicable la teoría del pagador único.

Saludos.

Como dice Harko, la culpa es de la empresa, pero por un lado o por otro, el dinero te lo van a reclamar a ti, así que te conviene pagar lo que corresponda y no complicarte mas la vida.
En respuesta a lo de los dos pagadores por subrogación, os puedo confirmar que al menos al presentar la declaración es tal y como se ha dicho, NO PRESENTARLA aunque aparezcan los dos pagadores en los datos fiscales (eso no se puede cambiar)
Lo del escrito de advertencia puede servir como escudo por si luego tenéis problemas, pero no es estrictamente necesario, si te piden explicaciones, se las das y punto, ya que tienes razón al considerarlo un único pagador, aunque me parece bien que la gente pierda el miedo a "comunicarse" con Hacienda, si no tenemos nada que ocultar, las llamadas telefónicas o escritos muchas veces aclaran las cosas más fácilmente y evitan sorpresas desagradables.

Vamos que a pesar de ser la empresa la que ha realizado mal la retención, toca pagar a Hacienda cuando en circunstancias normales con la cuantia que ha cobrado al año y si no hubiese habido subrogación no tendría que hacer la declaración de la renta (con la misma retención que le han hecho). El fallo de la empresa pero le toca pagar el pato al trabajador. O hay alguna otra forma de reclamar?

Si te hubieran retenido (correctamente), ya habrías pagado a Hacienda lo que te corresponde, simplemente lo vas a pagar ahora porque no lo pagaste antes.
La empresa está obligada a la retención, por lo que Hacienda puede ir contra ella y pedirsela, pero a continuación, la empresa puede reclamarte a ti la retención que ha pagado, por lo que por una parte o por otra lo vas a acabar pagando tú

Gracias por vuestra ayuda.