Hola Natty7,
Resulta curioso lo que indicas, estando empadronada en otro domicilio tú sola con tu hija.
A tal respecto, el artículo 6.2 b) de la Ley del IMV considera unidad de convivencia, como excepción (entre otras) a la regla general a la "...persona acompañada de sus hijos o menores en régimen de guarda con fines de adopción o acogimiento familiar permanente y sus familiares hasta el segundo grado por consanguinidad, afinidad o adopción, que haya iniciado los trámites de separación o divorcio."
Solamente se me viene a la cabeza, que tu expareja u otro familiar haya solicitado el IMV y os hayan considerado incluidos en ella. Dicho supuesto no tendría demasiado sentido al estar empadronados en el nuevo domicilio, salvo que hubiese alguien más en el domicilio y os hayan considerado unidad de convivencia a todos o, inclusive me planteo que se hayan acogido al artículo 7.3 que dice:
"Cuando las personas beneficiarias formen parte de una unidad de convivencia, se exigirá que la misma esté constituida, en los términos del artículo 6, durante al menos el año anterior a la presentación de la solicitud, de forma continuada."
En este caso, si el año anterior estabais empadronadas en otro domicilio, entiendo que os considerarían parte de aquél y si alguien de dicho anterior domicilio solicitó el IMV, puede que por ello consideren que perteneces a 2 unidades de convivencia.
Todo lo anterior, salvo mejor criterio de cualquier otro usuario.
Revisa si cumples los requisitos, no sólo el relativo a la unidad de convivencia, y de ser incorrecta la resolución, procede a interponer oportuna reclamación previa. En la misma resolución igual te especifican, aunque sea sucintamente, los artículos a los que se acogen para la denegación.
Saludos y ánimo.