El plazo que la Administración concede al ciudadano para subsanar los defectos o la insuficiencia de la documentación acompañada con su solicitud (de ayuda a madres menores de 30 años, en tu caso) no interrumpe el plazo que tiene la Administración para notificar su decisión sobre aquella solicitud. El plazo de tres meses que citas no sé si es el que marcaba la norma autonómica para resolver sobre la solicitud, o es un plazo previsto para gestionar todas las solicitudes (habrá habido un buen número), o una mera previsión para informar a los periodistas.
Lo que ocurre es que si no aportaste el documento requerido en el concreto plazo que te dieron (diez días habitualmente), la Administración puede entender que desistías de tu solicitud, que ya no te interesaba. Esto te lo tendrían que notificar.
Para quedarte tranquila, creo que debes telefonear a los servicios de la Comunidad de Madrid que gestionan esta ayuda, para ver cómo va el trámite de las solicitudes en general y de la tuya en concreto. Probablemente, no faltarán informaciones periodísticas cuando empiecen a pagarse las ayudas, igual que las habría cuando anunciaron que iban a convocarse