Valor adquisición

 Buenos días, Os agradecería que, cuando os sea posible me ayudéis en este asunto.
Se compra  y se escritura una vivienda por 60.000,00.-€, pero  hacienda de la comunidad autónoma le hace una complementaria, valorándolo en  90.000,00.-€, 
A la hora de venderlo, en el IRPR, que cantidad  de las dos se pondría como valor de adquisición?. 
Muchas gracias por vuestra ayuda y Buen día.

60.000 + gastos

Con todo el respeto a Juan, si bien tiene razón en principio puesto eso es lo que dice la norma, puedes hacer valer como valor de adquisición el comprobado por la Administración según varias sentencias, y creo que está generalmente aceptado.
Ya que se ha sufrido la complementaria, al menos, que sirva para disminuir la plusvalía, es lo lógico y los tribunales han acabado aceptándolo como criterio válido.

En mi opinión, la complementaria forma parte de los gastos que incrementan el valor de adquisición.

La cosa varía según si se trata de adquisiciones o transmisiones onerosas, o lucrativas.

Si la cosa es lucrativa (herencia, donación), la normativa sí dice eso de valor comprobado (normas sobre el impuesto de sucesiones y donaciones).

Pero si la cosa es onerosa (compraventa), la normativa IRPF es muy clara en referencia al "importe real".

Por lo tanto, y para mi, en una venta futura, si el importe real satisfecho son 60.000 más todos los gastos complementarios, el valor de adquisición serían esos 60.000, más todos los gastos extras satisfechos.

Muchísimas gracias a todos por vuestras rápidas respuestas.
saludos y  Buena tarde.

La plusvalía existe, de hecho el mismo declaró que lo compró por 60.000. Cosa distinta es que si este valor  de compra es inferior al valor de referencia, deba aplicarse como mínimo el de referencia a efectos de impuestos  ITP e ISD. Por supuesto, estoy de acuerdo en que el impuesto adicional pagado incrementa los gastos satisfechos. 

Hay sentencias donde se acepta el valor comprobado también en adquisiciones onerosas

https://www.iberley.es/jurisprudencia/sentencia-administrativo-ts-sala-contencioso-sec-2-rec-2068-2014-21-12-2015-47469224
FALLO:

Se reconoce, además de meter como gasto el impuesto adicional (faltaría mas), que se acepte como valor de adquisición el comprobado por la C de Madrid
Esto está sacado de:
https://www.iberley.es/noticias/el-ts-interpreta-art-335c-lirpf-cuando-unidad-acto-se-computan-ganancias-derivadas-mismo-tipo-transmision-33528

Otra cosa es que de primeras lo acepten, que parece que está mas extendido en transmisiones lucrativas. No sé ahora mismo cuantas sentencias mas en este sentido hay, pero el caso es que base para ponerlo como valor hay

Por supuesto, pero hay base para luchar también que aumenta el valor de adquisición, ver mi mensaje a Cachilipox

Ojo, la plusvalía no existe por vender a mas precio, sino por vender a mas valor; si el valor real era el que te liquidaron en transmisiones con una complementaria, aunque vendas a mas precio, no debería generarse un incremento de patrimonio.
En caso contrario, todas las adquisiciones lucrativas por herencia o donación, generarían un incremento patrimonial ya que se adquirieron a precio cero. En realidad, eso hacía Hacienda hasta que les obligaron a parar

OK. No obstante la Ley de IRPF dice que el valor de adquisición es el importe real por el que se haya adquirido (más gastos) art. 35.
P.D. He leído la sentencia (muy interesante) y creo que tienes toda la razón ya que es unificación de doctrina del TS. 
Por supuesto que hay base para lucharlo e incluso muchas posibilidades de ganarlo.

Muy interesante.
Lo desconocía.
Me releí el artículo 35 LIRPF, en paralelo simultaneo con el anterior 33 RDLIRPF derogado.
Y sí, dicen lo mismo y mencionan "importe real .... efectuado".
La clave es "que tenga efectos", pues esa es la definición de "efectuado", participio del verbo efectuar. Y por supuesto, que sea "real", y justamente eso es lo que los procedimientos de comprobación de valores pretendían establecer.

Lo que me lleva a elucubrar si el actual valor de referencia, que NO ES una comprobación de valor, sino un mero promedio ponderado de precios de mercado de bienes similares, serviría para acogerse a dicha doctrina jurídica. Y pienso que no.

O sea, adquisiciones anteriores al 01/01/2022, con valor COMPROBADO por la administración, hay que entender que dicha comprobación es vinculante, y obviamente tiene efectos. Ese sería el importe real por el que se hubiese incorporado un bien patrimonial (con independencia que el precio real satisfecho hubiese sido inferior).

Adquisiciones posteriores al 01/01/2022, que hayan tributado en ISD o ITPAJD por la base mínima (valor de referencia), no tendrían un verdadero valor comprobado, sino una mera aplicación administrativa de un importe mínimo a efectos de base imponible de ciertos impuestos (y no otros). En este caso, el precepto de la LIRPF debiera entenderse por importe real el precio efectivamente satisfecho.

Efectivamente, el valor de referencia no es realmente, o al menos, no tiene todas las características de una valoración realizada por la Administración por peritos. Sería bastante mas discutible su uso como valor de adquisición, aunque no lo descarto al 100% si tuvo efectos, es decir, se aplicó en la declaración del interesado o por la Administración autonómica.

Yo interpreto que aunque se trate del valor de referencia, dado que es asumido por la Administración autonómica, es de aplicación la doctrina de la sentencia.
Dicho sea con todas las reservas.