A ver si me explico bien. Según el código civil, los herederos legales son los hijos, a los que corresponde 1/3 de la herencia por la legítima y otro 1/3 como mejora. Queda 1/3 restante como de libre disposición.
Salvo que vivas en alguna Comunidad Autónoma que tenga la legislación distinta, los herederos legales de un difunto son los hijos como mínimo en 2/3 de la herencia (y si el difunto no ha dispuesto de otra cosa en su testamento, del 100%). No hay que confundir con que deje el uso y disfrute al cóyuge (tu madre en este caso)
No acabo de entender bien tu caso por falta de datos, pero a vuelapluma entiendo que le sigues debiendo a tu madre el 50% de lo que falte por pagar, y el otro 50% se lo debes a los herederos legales (no a la usufructuaria, que sería tu madre) que supongo que seréis tú y tu hermano. Con ello debería devolver el 50% a ty madre y el 25% a tu hermano. El 25% restante sería tuyo y te lo puedes ahorrar.
Si prefieres pasar por hacienda y que te lo considere como una donación, tú mismo, pero es pagar por pagar. Además, tienes que tener en cuenta al otro heredero y que os va a tocar pagar a todos, ya que con las donaciones pagan los que dan y los que reciben.
Lo mejor es devolver el dinero en cómodos plazos y dejarlo todo completamente demostrable para hacienda.
Suerte. Un saludo.