El notario no es juez, le presentan una fórmula perfectamente legal y nada puede objetar, porque salvo error por mi parte los cálculos con año comercial 360 y meses de 30 días son igualmente legales que los de años a 365 y los meses por días reales. Cosa distinta es que no tenga ningún sentido en estos momentos de cálculos automatizados, y si lo tenía hace 35 o 40 años, cuando los ordenadores solo los tenían 4 y el tato, unos trastos mastodónticos ... y muchos cálculos con calculadoras mecánicas, con lo cual calcular todos los meses como si fueran de 30 días, pues eso, tenía su sentido práctico.
No te engañes, el notario no es el protector del cliente, es el garante de que el contrato es legal en el momento de formalizarse, que no existe nada que esté fuera de la ley, repito, en el momento de la firma. Si luego como ya ha ocurrido se declara no aplicable el suelo hipotecario (nadie lo ha declarado ilegal de momento) o que los tribunales estiman que los gastos de formalización son a cargo del banco, al ser temas posteriores a la firma, evidentemente no lo podia conocer, se limitó en tu caso a asegurarse que en aquel momento los pactos del contrato se ajustaban a la legalidad.
Si te están liquidando algo distinto a lo contratado, obviamente se puede reclamar y que te abonan las diferencias, ello se hace a través del SAC de la entidad.
En cuanto a lo que indicas de "anticipadas" si la base está mal puede afectarte, pero es muy poco, seria por los intereses que te cobran en tal anticipada, que se calculan desde el dia del pago del último recibo y el día de la amortización, pero si, si la base no es la firmada, se puede igualmente reclamar.