Eso no tiene nada que ver con la deducción autonómica que, como dices, no te corresponde. Es que la deducción (cualquiera) se divide en dos tablas: la estatal y la autonómica, por estar este impuesto parcialmente cedido a las comunidades autónomas.
Es así y no puedes modificar nada. Es correcto.
Yo creo que quien mejor te va a solventar tu duda es tu empresa, porque ellos son los que hacen las nóminas y, si es un error o si es correcto, ellos te lo podrán decir mejor que nadie.
Jeje, es que lo exento no aparece nunca. Nunca le habrá aparecido.
Asegúrate bien del importe, porque si tienes obligación, has de hacerla, aunque salga resultado cero. Porque si no la haces y luego te la requieren, será peor y ahí sí habrás de pagar.
Has de asegurarte de que la entidad haya sido declarada de utilidad pública para poder deducir el donativo en renta. Si no lo es, no se puede.
También puede ser que lo sea y no haya comunicado datos a hacienda, aunque esto es más raro...