Según tus comentarios, creo que tienes algunos conceptos que en mi opinión son equivocados.
Vamos a suponer que en tu empresa tenías un salario bruto mensual de 2.000 euros, una retención de 300 euros y una cuota a la SS de 200 euros.
Resulta que el empresario os dejó a deber en su día las nóminas de los tres últimos meses.
Según comentas, hiciste correctamente la declaración de ese año y tributaste por un salario bruto de 18.000 euros, declarando unas retenciones de 2.700 euros y unos gastos deducibles de 1.800 euros.
Vamos a suponer (aquí ya empiezan los problemas, porque ya es mucho suponer) que el FOGASA os hubiese pagado lo que no hizo el empresario. Os presentaría en el año 2016 una liquidación de sueldo bruto de 6.000 euros, os retiene 900 euros y os descuenta de gastos 600 euros. Por estas cantidades, tienes que realizar la complementaria.
Una complementaria, no es más que la sustitución de una declaración por otra pagando la diferencia. Por lo tanto, no se abona más por ello.
Vas a tributar lo mismo en el caso de que hubieses cobrado todas las nóminas en el mismo año, que haciendo la complementaria por haber sufrido impagos. En la declaración que hiciste correspondiente al año, tributaste por el pago de nueve nóminas y en la complementaria, por el pago de tres nóminas.
Dicho esto, creo que lo importante ahora es cómo se especifican y se liquidan los cobros atrasados en la liquidación que haga el FOGASA.
En el comentario 2, te dicen que sí que puedes descontar seguridad social y retenciones, porque en su día no lo hiciste. Llamas a la Agencia Tributaria y una señorita te comenta más o menos lo mismo. Vuelves a llamar y un agente te dice que solamente puedes descontar lo que te haya aplicado el FOGASA.
Lo que pienso yo es que primero hay que tener toda la documentación, usar el sentido común y en el caso de que hubiese algún aspecto que fuese dudoso o ser susceptible de ser interpretado de diversas maneras, hacerlo de la forma que sea más favorable para ti.
Haciendo esto (y sigo opinando), la Agencia Tributaria no creo que te sancione. Podría reclamarte la diferencia que considera que no has tributado y sus correspondientes intereses de demora.
Un cordial saludo.