Hola,
Las comisiones de los fondos, sólo se introducen si son explícitas (con cargo en la cuenta corriente y con su IVA correspondiente), como las comisiones de custodia de las acciones y los ETF's. Si son comisiones de gestión del fondo indicadas en el folleto como TER, no hay que introducirlas, ya que la valoración del fondo en el programa Mi Cartera ya las ha descontado en el Valor Liquidativo del fondo. Si la pones como comentas, estarías duplicando la comisión y restando rentabilidades que no corresponden.
Espero que te haya servido de ayuda.