Cada caso es distinto y hay que valorar la situación. Y una cosa es lo que puedo decir y otra lo que se puede decidir hacer, llegado el caso.
Partamos de lo básico:
Un coche que se perita se debe reparar inmediatamente.
Un siniestro (en general) se debe peritar cuanto antes.
Tu lo que quieres es otra cosa. Y no pasa nada por no peritar el coche hasta que acepten y vayas a reparar. Pero no es lo ideal.
Tienes el seguro con franquicia, y eso abarata el precio, y a cambio tienes unas contrapartidas. Lo normal es que la franquicia que tengas no suponga un problema, y por tanto, que no haya que plantearse si abonarla o no.
Por tanto, mi recomendación sería: perita ya, y repara ya. Si cuando salga el coche del taller la compañía responsable ha aceptado culpa, no pagarás nada y si no lo ha hecho, te toca adelantar la franquicia.
Pero es que son las condiciones del contrato.